故事的時(shí)間點(diǎn)，是在前作「明星異變」（邪星章）的一年之后。正處于櫻花盛開季節(jié)的幻想鄉(xiāng)，突然出現(xiàn)一顆體積高聳入天的巨大神木「導(dǎo)命樹」。見到這異變，讓「博麗靈夢」與「霧雨魔理沙」這兩個(gè)主角前去現(xiàn)場調(diào)查。

 

在那里，她們遇到了守矢神社的主神「八坂神奈子」，以及負(fù)責(zé)奉祀她的巫女「東風(fēng)谷早苗」。經(jīng)過詢問之后才知道，原來這顆巨大的導(dǎo)命樹之所以會出現(xiàn)，是神奈子為了開發(fā)新的潔凈能源所造成的結(jié)果。

根據(jù)早苗的解說，現(xiàn)世（幻想鄉(xiāng)外面的世界）開始重視因?yàn)槟茉瓷�產(chǎn)所造成的環(huán)境污染（例如核廢料）。為了不讓環(huán)境繼續(xù)受到污染，所以人類開始朝「潔凈能源」的大方向邁進(jìn)，也就是與自然共存（生態(tài)學(xué)，ecology）。 之前曾開發(fā)過核融合的神奈子，了解到它可能帶來的負(fù)面影響，便開始著手新能源的開發(fā)，也就是眾人眼前的導(dǎo)命樹。為了讓計(jì)劃順利進(jìn)行，神奈子還從現(xiàn)世請來一尊負(fù)責(zé)掌管該能源的神祇。

當(dāng)神奈子說明完畢，想將外來的神祇介紹給靈夢她們認(rèn)識時(shí)，才發(fā)現(xiàn)她突然消失了蹤影。而導(dǎo)命樹也在同一刻突然開始發(fā)光，并降下一股無法視見的力量，讓受到影響的人物，當(dāng)場屈伏在地。

見到這異狀，靈夢與魔理沙向神奈子質(zhì)問，難道是新神祇在搞鬼嗎。 而神奈子與早苗什么也沒說，立刻一同往導(dǎo)命樹飛去�？吹竭@行動后，靈夢她們也明白發(fā)生了何事，就隨后跟著飛去。而《東方導(dǎo)命樹》的故事，就在這情況下展開。

機(jī)體說明

火力A：高速誘導(dǎo)，低速散射9Un紅軟基地

火力B：高速散射，低速集中9Un紅軟基地

魔力A：高速尾隨，低速貫通9Un紅軟基地

魔力B：高速近距，低速中距9Un紅軟基地

風(fēng)力A：高速散射，低速誘導(dǎo)9Un紅軟基地

風(fēng)力B：高速誘導(dǎo)，低速集中，C鍵啟動射擊強(qiáng)化（高速啟動附加貫通，低速啟動附加集中，bomb威力加強(qiáng)，需消耗技能槽）9Un紅軟基地

截圖

9Un紅軟基地

 9Un紅軟基地

9Un紅軟基地