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Cartes分子和晶體結構坐標編輯器下載,象Chem3D這樣專業(yè)的軟件目前尚沒有自動識別點群的功能,而GaussView的3.07以來的版本已經增加了此項功能,但是其準確程度令人擔憂。似乎GaussView傾向于低估分子的對稱性,例如它往往無法判斷出高于6重軸的對稱性,如碳管(7,7),GaussView給出的點群是C2h,而實際是D7d;又比如碳管(5,5),它認為其點群是C5,而實際是D5d。
(1)晶體的分數坐標轉化成直角坐標。
(2)晶體的直角坐標轉化成分數坐標。
(3)生成向a,b,c三個方向堆積i,j,k個晶胞的全部分數坐標或直角坐標。
(4)生成按照給定對稱性關系得出的所有相關原子的分數坐標或直角坐標。
(5)按照指定需要任意平移、旋轉、反映或反演當前的坐標。
(6)將一組坐標的中心平移到原點。
(7)判斷分子的點群。
自動識別點群:象Chem3D這樣專業(yè)的軟件目前尚沒有自動識別點群的功能,而GaussView的3.07以來的版本已經增加了此項功能,但是其準確程度令人擔憂。似乎GaussView傾向于低估分子的對稱性,例如它往往無法判斷出高于6重軸的對稱性,如碳管(7,7),GaussView給出的點群是C2h,而實際是D7d;又比如碳管(5,5),它認為其點群是C5,而實際是D5d。
可見自己動手寫一個自動識別點群的程序是很具有挑戰(zhàn)性的,于是我就寫了這樣的程序,現在正好把它集成到Cartes軟件里來了。
關于對Cartes-分子和晶體結構坐標編輯器稱操作的使用
當選擇“對稱操作”后,會彈出一個輸入對稱性操作矩陣的面板,對稱性操作矩陣的格式和意義如下:
每一個對稱性相關矩陣必須以%(表示該對稱性相關矩陣對分數坐標進行操作,其平移量采用分數坐標的單位)或#(表示該
對稱性相關矩陣對直角坐標進行操作,其平移量采用以埃為單位)開頭,換行或空格后,就輸入對稱性相關矩陣,格式為:
p11 p12 p13 t1
p21 p22 p23 t2
p31 p32 p33 t3
其中t1,t2,t3的單位由標識符‘%’和‘#’指明(含義見上),對于同一個輸入文件‘%’和‘#’可以混合使用。