NTSYS-pc(生物形態(tài)研究軟件)用于分析分子生物學(xué)，是一款很具有專(zhuān)業(yè)性的工具，能進(jìn)進(jìn)行生物群體聚類(lèi)分析及相似性分析，分析RFLP，RAPD等電泳帶型，計(jì)算遺傳距離分析聚類(lèi)樹(shù)繪圖。i0C紅軟基地

軟件介紹

ntsyspc是一款免費(fèi)的生物形態(tài)分析軟件，這款軟件可以用來(lái)研究數(shù)據(jù)點(diǎn)樣本，這些樣本可能來(lái)自?xún)蓚�(gè)或多個(gè)不同的群體，或者使用鄰接法或UPGMA方法構(gòu)建聚類(lèi)圖來(lái)評(píng)估進(jìn)化樹(shù)。同樣可以用于發(fā)現(xiàn)某些子集中的變異是相互關(guān)聯(lián)的。i0C紅軟基地

軟件功能

1、相似性和差異性：關(guān)聯(lián)、距離、34個(gè)關(guān)聯(lián)系數(shù)和11個(gè)遺傳距離系數(shù)。 i0C紅軟基地
2、聚類(lèi)：UPGMA和其他等級(jí)結(jié)構(gòu)的SAHN方法（可以是多重關(guān)系）、鄰接法和共同樹(shù)的幾種形式。 i0C紅軟基地
3、圖論方法：最短長(zhǎng)度的生成樹(shù)和用鄰接法繪制圖片（可以是無(wú)根系統(tǒng)樹(shù)）。 i0C紅軟基地
4、排序：主成分或主坐標(biāo)分析、對(duì)應(yīng)分析、度量與非度量多維尺度分析、奇異值分析和Burnaby方法、典型分布隨機(jī)分析、方案的多因素分析、常見(jiàn)的主成分分析、偏最小二乘、多關(guān)聯(lián)性和典型相關(guān)。 i0C紅軟基地
5、圖片互動(dòng)：表征圖、物種樹(shù)、二維散點(diǎn)圖，相似性和差異性矩陣的對(duì)比、傅立葉的大綱圖、Procrustes繪圖和三維視點(diǎn)繪圖。 i0C紅軟基地
6、多變量測(cè)試：典型變量分析、協(xié)方差矩陣測(cè)試、維數(shù)測(cè)試、廣義多元回歸分析。同時(shí)還有輔導(dǎo)程序和模擬實(shí)驗(yàn)內(nèi)容。 i0C紅軟基地
7、幾何形態(tài)測(cè)量：包括Procrustes分析的特殊組件，用于疊加重點(diǎn)結(jié)構(gòu)，繪制Procrutes分析的結(jié)果圖片，繪制輪廓圖片和輪廓形狀的傅立葉系數(shù)（包括2D和3D橢圓圖片）和部分2D和3D的彎曲系數(shù)并估算統(tǒng)一部分。 i0C紅軟基地
8、其他：由同表象相關(guān)、Mantel測(cè)試，3-way Mantel測(cè)試，數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化和矩陣轉(zhuǎn)化等進(jìn)行矩陣對(duì)比。矩陣可分割或合并。i0C紅軟基地

使用方法

一、數(shù)據(jù)的處理i0C紅軟基地
1、讀板i0C紅軟基地
2、把每一個(gè)引物的讀板數(shù)據(jù)用Excel表格排成一列：i0C紅軟基地
eg：10個(gè)材料用satt140讀出5個(gè)多態(tài)性位點(diǎn)應(yīng)列表——i0C紅軟基地
3、再把上表列成NTSYS能識(shí)別的格式——i0C紅軟基地
eg：10個(gè)材料用satt140讀出5個(gè)多態(tài)性位點(diǎn)應(yīng)列表——i0C紅軟基地
（有帶讀1、無(wú)帶讀0、缺失讀999）i0C紅軟基地
注：一般情況下不只是satt140一個(gè)引物，而是多個(gè)引物，則應(yīng)該把各個(gè)引物的如上數(shù)據(jù)合i0C紅軟基地
成在一個(gè)工作簿中，并只保存一個(gè)工作表sheet1，輸入完畢后，將文件以Microsoft excel 5.0/95工作薄的格式存盤(pán)，如下圖——（這樣就可以用NTSYS－pc分析）i0C紅軟基地
二、NTSYSpc用法i0C紅軟基地
1、生成矩陣：在excel按如下規(guī)則輸入數(shù)據(jù)，A1=1表示有帶記為1，B1=10表示擴(kuò)增的總條帶數(shù)， C1=5表示樣本數(shù)，D1=0表示無(wú)帶記為0。第二行表示的是樣本名稱(chēng)。從第三行開(kāi)始的A列表示引物名稱(chēng)。見(jiàn)下圖：i0C紅軟基地
輸入完畢后，將文件以Microsoft excel 5.0/95工作薄的格式存盤(pán)。并且只能保存sheet1一個(gè)工作簿。（注：這里的B1和C1顛倒，應(yīng)該在qualitative data一步中選by rows）i0C紅軟基地
2、生成系統(tǒng)樹(shù)：i0C紅軟基地
打開(kāi)NTSYS-PC程序，點(diǎn)擊similarity出現(xiàn)如下界面i0C紅軟基地
點(diǎn)擊input file，打開(kāi)生成的excel文件，點(diǎn)擊out file起一個(gè)文件名（假設(shè)叫A），然后點(diǎn)擊compute按鈕。繼續(xù)點(diǎn)擊clustering，出現(xiàn)下面的界面，i0C紅軟基地
再點(diǎn)SHAN，出現(xiàn)如下界面：i0C紅軟基地
點(diǎn)擊input file，打開(kāi)文件A，點(diǎn)擊out file起一個(gè)文件名（假設(shè)叫B），然后點(diǎn)擊compute按鈕。然后點(diǎn)Graphicsi0C紅軟基地

軟件截圖

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