序列拼接工具cap3-windows版，is for small-scale assembly of EST sequences with or without quality values.用于少量的序列拼接。LbU紅軟基地

軟件特點(diǎn)

利用正反向進(jìn)行拼接，更正拼接錯(cuò)誤、連接 contigs。LbU紅軟基地
應(yīng)用 reads 的質(zhì)量信息。LbU紅軟基地
自動(dòng)截去 reads5`端、3`端的低質(zhì)量區(qū)。LbU紅軟基地
產(chǎn)生 Consed 程序可讀的 ace 格式。LbU紅軟基地
?CAP3 能用于 Staden 軟件包的中的 GAP4 軟件。LbU紅軟基地

使用說明

程序運(yùn)行命令行:LbU紅軟基地
cap3 File_of_reads [options]LbU紅軟基地
如： cap3 seq.faLbU紅軟基地
輸入 序 列 是 普 通 的 FASTA 格 式 的核酸序列， 如 果 序 列 文 件 名 為 “ xyz ” ， 則 質(zhì) 量 文 件 應(yīng) 命 名 為“xyz.qual”，約束文件應(yīng)命名為“xyz.con”。在命令行中只需輸入序列文件，程序會(huì)自動(dòng)在相應(yīng)的目錄中尋找相應(yīng)的質(zhì)量文件和約束文件。LbU紅軟基地
一般質(zhì)量文件和約束文件不對(duì)于CAP3來時(shí)說不是必須的，也就是當(dāng)這兩個(gè)文件不存在的時(shí)候程序按照設(shè)定的默認(rèn)值來處理。LbU紅軟基地

軟件截圖

LbU紅軟基地