TreeGraph(編輯系統(tǒng)發(fā)育樹軟件)是一個(gè)方便，易于使用的圖形編輯器，專為設(shè)計(jì)的進(jìn)化樹，讓你應(yīng)用大量的圖形格式到你的樹中的元素。它支持多種（有形或無形）的每個(gè)分支或節(jié)點(diǎn)的說明（如支持的值）。這些注釋可以導(dǎo)入從Nexus樹中的文件或文本文件，其中包含表中的數(shù)據(jù)（例如，從一個(gè)電子表格程序?qū)С觯�。清風(fēng)網(wǎng)絡(luò)提示: 該軟件要求您的電腦要裝有Java環(huán)境（進(jìn)入下載jre.Java環(huán)境）才能正常使用。GR0紅軟基地

軟件功能

蛋白質(zhì)序列，蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)等來構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹，或者通過蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)比較包括剛體結(jié)構(gòu)疊合和多結(jié)構(gòu)特征比較等方法建立結(jié)構(gòu)進(jìn)化樹。GR0紅軟基地
•系統(tǒng)發(fā)育樹主要是它的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)和分支長度。GR0紅軟基地
•根據(jù)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)的不同系統(tǒng)發(fā)育樹可以分為有根樹和無根樹。GR0紅軟基地
有根樹有一個(gè)根節(jié)點(diǎn)，代表所有其它節(jié)點(diǎn)的共同祖先，從根節(jié)點(diǎn)只有唯一路徑經(jīng)進(jìn)化到達(dá)其他任何節(jié)點(diǎn)；GR0紅軟基地
無根樹只表明了節(jié)點(diǎn)之間的關(guān)系，沒有進(jìn)化方向，但是通過引入外群（outgroup）或外部參考物種可以在無根樹中指派根節(jié)點(diǎn)。GR0紅軟基地

使用說明

1. 使用MEGA6根據(jù)細(xì)菌的16s rRNA基因或者真菌的18s rRNA基因的構(gòu)建方法GR0紅軟基地
為何要建系統(tǒng)發(fā)育樹？就是要把你的目的微生物與其它微生物間的親緣關(guān)系，用系統(tǒng)發(fā)育樹直觀的表示出來。下面是具體的步驟：GR0紅軟基地
首先準(zhǔn)備你將要建樹的序列，可以將你的序列在NCBI上進(jìn)行Blast查找出相近的序列，下載下來，可以都放到一個(gè)Text文件中（都是fasta格式）。（以下是具體步驟，黑體為軟件選項(xiàng)）GR0紅軟基地
打開MEGA6——Align——Edit/Build Alignment——Creat a new Alignment——DNA（若是蛋白質(zhì)則選擇Protein）（這就打開了一個(gè)序列比對的新窗口）——Edit——Insert sequence from file（選擇你已經(jīng)存儲(chǔ)序列的文件）——Alignment——Alignment by ClustalW（參數(shù)不需多改，直接點(diǎn)擊OK）——等待比對（比對結(jié)果相同的堿基會(huì)在同一列上）——data——Phylogenetic Analysis（然后就可以回到主界面進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建）——Phylogeny（可以選擇構(gòu)建樹的方法，一般是鄰接法neighbor-joining和最大簡約法maximum parsimony）——Construct neighbor-Join（這里選擇構(gòu)建鄰接樹，會(huì)出現(xiàn)一個(gè)窗口）——在Test of phylogeny 選擇Bootstrap method 并設(shè)定其值為1000——compute——這樣樹就建好了，在樹的生成界面可以對其形狀大小等進(jìn)行調(diào)節(jié)。GR0紅軟基地

軟件說明

生物系統(tǒng)發(fā)育樹的圖形化顯示軟件著重研究系統(tǒng)發(fā)育樹（進(jìn)化樹）的描述方法、進(jìn)化樹表示的Newick格式（一種嵌套結(jié)構(gòu)的文本）、運(yùn)用棧的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)與算法于自動(dòng)解析文本描述的進(jìn)化樹拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)、以及進(jìn)化樹的圖形編程實(shí)現(xiàn)技術(shù)等。GR0紅軟基地

軟件截圖

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