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CopySeq(DNA序列分析工具)是內(nèi)存的超快、 高效內(nèi)存讀取的路線很短軟件,旨在將對(duì)齊短 DNA 序列 (讀。 到人類基因組的速度每小時(shí)約 2500 萬讀取一個(gè)典型的工作站上的 2 千兆字節(jié)。時(shí)下互聯(lián)網(wǎng)常用的教育教學(xué)軟件之一,該軟件純綠色免費(fèi)無毒,請(qǐng)放心使用。
1.輕松計(jì)劃和模擬DNA操作。
2.可視化的ORF閱讀框,和引物結(jié)合位點(diǎn)。
3.自動(dòng)記錄在克隆項(xiàng)目的步驟。
4.與其他研究人員共享注明的序列文件。
基于MPI(message passing interface)平臺(tái)實(shí)現(xiàn)了HMMER軟件包核心程序之一Hmmpfam的大規(guī)模并行計(jì)算.該版本針對(duì)原PVM(parallel virtual machine)并行版本在并行規(guī)模擴(kuò)大后,master易成為通信瓶頸的問題,對(duì)通信結(jié)構(gòu)進(jìn)行了優(yōu)化,提出了一種新的三層通信結(jié)構(gòu),在序列和HMM模型的兩個(gè)層次上實(shí)現(xiàn)了并行化,并分別提供了有效的負(fù)載平衡策略,同時(shí)優(yōu)化了I/O性能,在700多臺(tái)處理機(jī)上達(dá)到95%的效率。
應(yīng)用平臺(tái):WinXP,Win7,Win8,windows10,其他 。