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InterViewer 4.0(蛋白質分析軟件),蛋白質蛋白質相互作用網絡通常包括數(shù)千個節(jié)點或更多,嚴重限制了許多圖繪圖工具的用處,因為他們變得太慢的交互式分析的網絡因為他們產生雜亂許多邊緣過路的圖紙。我們目前新、 速度極快的布局算法及實現(xiàn)可視化大規(guī)模蛋白質相互作用網絡稱為 InterViewer。
InterViewer蛋白質結構分析軟件是生物信息工程中最基本也是最重要的數(shù)據之一 -,通常都需要使用專業(yè)的繪圖工具InterViewer才能夠處理。蛋白相互作用網絡經常包括數(shù)千或更多節(jié)點的,這嚴重地限制了許多圖表的繪圖工具的實用性,因為他們成為網絡的交互式anal- ysis太慢,因為它們產生混亂附圖與許多邊交叉。我們提出了一個新的,非常快速的布局算法及其實現(xiàn),叫做InterViewer3可視化大規(guī)模的蛋白質相互作用網絡。
(1)這是一個數(shù)量級的速度更快,
(2)它可以直接可視化從蛋白質相互作用數(shù)據庫中的數(shù)據
(3)它提供了幾個操作為有效探索大規(guī)模蛋白相互作用網絡。
(1)首先找到整個網絡的連接的部件的布局,
(2)發(fā)現(xiàn)與所連接的組件中相對于樞軸節(jié)點的節(jié)點的全球布局,
(3)細化每個被連接成分的由第一重新定位的本地布局midnodes就其cutvertices和cutvertices的直接鄰國,然后通過重新定位的所有節(jié)點相對于他們的鄰居在距離2的優(yōu)勢